Lembaga Pelabuhan Johor (LPJ) telah ditubuhkan pada 1 Januari 1975 di bawah Akta Lembaga-Lembaga Pelabuhan 1963.

LPJ telah memulakan operasinya pada tahun 1977 dan ianya merupakan pelabuhan Malaysia yang pertama mempunyai kawasan perdagangan bebas.